Der Begriff Apfelsine stammt aus dem Niederländischen und bedeutet wörtlich “Apfel, der aus China kommt”. Aus der Botanik und dem Lebensmittelrecht bzw. der Nährwertkennzeichnungsverordnung geht kein Unterschied zwischen Orange und Apfelsine hervor. Dennoch hat es sich innerhalb der Fruchtsaftindustrie eingebürgert, Orangensaft mit Fruchtfleisch aufgrund der besseren Unterscheidbarkeit zum “normalen” Orangensaft als Apfelsinensaft zu deklarieren. 

Mehr dazu kann man bei Fruitlife lesen.

Im Web findet sich außerdem noch folgender interessanter Artikel:

"...Die eine Frucht heißt Apfel, die andere Apfelsine. Offensichtlich gibt es aber noch ein Synonym für das zweite Wort, nämlich Orange. Aber was zur Hölle ist der Unterschied? 

Einer gängigen Theorie zufolge sind die Apfelsinen (weiblich, nach DUDEN) die weiblichen Äpfel (männlich, nach DUDEN). Dies führt zu der naheliegenden Vermutung, dass die Orangen (auch diese Theorie wurde mir gegenüber schon geäußert) die Kinder der Äpfel und Apfelsinen sind, was aber offenbar ein paar Lücken aufweist, denn im allgemeinen sind dann die Kinder von Apfelsinen und Äpfeln Orangen, was vermutlich daher rührt, dass das Gen, was den Apfel ausmacht, gegenüber dem Apfelsinen-gen rezessiv ist. 
Dominant ist also die Apfelsine (was nicht weiter verwundert, schließlich stehen sehr viele Menschen immer noch unter dem Pantoffel, folglich gibt es auch in der Natur der Früchte dafür Beispiele), demzufolge wird die Welt regiert von den weiblichen Äpfeln.
Männliche Nachfahren wären natürlich der Pfirsich, der ist eh behaart, wie Männer nunmal so sind, wenn sie sich nicht rasieren. Pfirsiche rasieren sich im allgemeinen eher selten (genauer gesagt, sind da wenig Fälle bekannt von Pfirsichen ,die sich rasieren ) 
Nun zu einer weiteren Problematik: Was hat die Orange mit dem Apfel zu tun? Es gibt A-Saft, es gibt O-Saft, aber das Pendant mit Apfelsinen (was ja wiederum A-Saft wäre, oder zur Unterscheidung As-Saft) gibt es nicht wirklich - bestellt Mensch in der Kneipe Wodka-A oder Wodka-As (und meint damit Wodka mit Saft aus gepressten Apfelsinen), so wird einem ein Vogel gezeigt (im zweiten Fall) oder etwas ekelerregendes wie Wodka mit Apfelsaft (im ersten Fall) wird kopfschüttelnd und mit einem leichten Flüstern „de r hat sie ja wohl nicht mehr alle an der Pfanne“ serviert. 
Dennoch scheint auf den ersten Blick der O-Saft genauso zu schmecken wie der As-Saft, was auch immer das ist. Aber am besten ist immer noch, saufen saufen saufen, und zwar Wodka pur. Ups, das gehörte gar nicht hierhin. 

Ein weiterer wichtiger Unterschied zwischen den Apfelsinen und den Orangen ist die sogenannte „Verfremdung“ (Brecht) bei der Wahl der Aprikose äh Verzeihung Apfelsine in Verwechselung mit den Orangen, als Synonym. Zum Beispiel fährt Mensch nicht einfach bei Apfelsine noch über die Ampel, obwohl es eigentlich auch gelb ist (aber da scheiden sich die Geister eh). Des weiteren gibt es die Farbe Apfelsine so eigentlich gar nicht, Orange als Farbe ist aber durchaus legitim. Andererseits (das ist tatsächlich bemerkenswert) gibt es die Farbe Aprikot! Das ist ja offenbar ein interessanter Zusammenhang, denn das kommt von Aprikose, aber so etwas wie Apfelsint oder Apfelst oder so gibt es nicht, zum Glück.

Überhaupt sind die Farben in diesem Zusammenhang sehr interessant: Es stellt sich bei näherer Betrachtung sehr schnell heraus, dass die Farben furchtbar wichtig sind. Es gibt nämlich die zugegebenermaßen nicht allzu gebräuchliche Farbe Apfelgrün. Und Apfelrot, gibt es auch. Dies legt eine interessante Nähe zu den Nasenausscheidungen dar: Es gibt nämlich die natürliche Farbe „Popelgrün“ (siehe irgend ein Otto-Buch), wohingegen auch hier die Farbe „Popelrot“ eher selten ist (nur bei Leuten mit Nasenbluten scheint sie zum allgemeinen Wortschatz zu gehören). 
Dementsprechend werden die Farben von Äpfeln und die Farben von Apfelsinen in diesem Zusammenhang eher uninteressant. Interessanter ist aber - vor allem im Zusammenhang mit dem bereits eingangs zitierten Pfirsich - der Bezug zum menschlichen Körper, insbesondere zur Haut. Es gibt Orangen-Haut (ungut) -- aber es gibt auch Pfirsich-Haut (gut!). Das stellt dar, dass die Beziehung zwischen Schwester (Orange) und Bruder (Pfirsich) meist eher konträr als konstruktiv gut ist. Analog stellt es vielleicht auch deshalb einen Zusammenhang dar, da Söhne als Kinder in gewissen Kulturen beliebter sind und waren als Töchter -- Mitgift etc. Dementsprechend auch bei der Haut, der Orangen und der Pfirsichigen solchen. 
Sieht man diesbezüglich noch den Zusammenhang mit der Synonymität von Apfelsine und Orange könnte man auch auf den seltsamen Mutter-Sohn-Konflikt oder Mutter-Sohn-Komplex hinweisen - Ödipus rules(!), und dementsprechend fällt es gar schwer, die Bereiche Nat ur und Mensch zu trennen. 

Vielleicht handelt es sich auch um eine ganz natürliche evolutionäre Entwicklung parallel zum menschlichen Sein. 
Vielleicht auch nicht, und das ist alles Unfug. (zitiert von http://www.geocities.com/CollegePark/Library/4229/theo3.html)